اهداف مرکز عبارتند از:

۱-   توسعه و بکارگیری دانش بشری در زمینه مربوطه

۲ - انجام پژوهشهای بنیادی اپیدمیولوژیک و بالینی در جهت اصلاح نظام ارائه خدمات بهداشتی و درمانی استان به منظور جوابگویی به نیازهای جامعه اسلامی.

۳-   جمع آوری، تنظیم و طبقه بندی اسناد، مقالات و مدارک.

۴-   تربیت نیروی انسانی محقق در زمینه.

۵-   ترغیب، تشویق و بکارگیری محققین

۶-   کوشش در جلب توجه و همکاری مراکز تحقیقاتی و اجرائی مربوطه در داخل کشور

۷- همکاری علمی با مراکز تحقیقاتی و آموزشی سایر کشورها و سازمانهای بین المللی با رعایت قوانین و مقررات دولت جمهوری اسلامی ایران.