|
شناسایی ژنوم سارس کرونا ویروس 2 در نمونه خون بیماران مبتلا به کووید-19
|
بهمن آقچه لی1    ، عبدالوهاب مرادی2 ، علیجان تبرایی3 ، حامد نذیری4 ، محمدرضا کلانی5 ، علیرضا تهمتن* 6 |
1- دانشجوی دکتری تخصصی ویروس شناسی پزشکی، گروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی گلستان، گرگان، ایران.
2- استاد ویروس شناسی پزشکی، گروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی گلستان، گرگان، ایران.
3- استاد ویروس شناسی پزشکی، مرکز تحقیقات بیماری های عفونی، دانشکده پزشکی، گروه میکروب‌شناسی، دانشگاه علوم پزشکی گلستان، گرگان، ایران.
4- استادیار ویروس شناسی پزشکی، گروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی گیلان، رشت، ایران.
5- استادیار پزشکی مولکولی، گروه پزشکی مولکولی، دانشکده فناوری های نوین، دانشگاه علوم پزشکی گلستان، گرگان، ایران.
6- استادیار ویروس شناسی پزشکی، مرکز تحقیقات بیماری های عفونی، دانشکده پزشکی، گروه میکروب‌شناسی، دانشگاه علوم پزشکی گلستان، گرگان، ایران. ، alireza.tmn@gmail.com |
|
|
چکیده: (6120 مشاهده) |
زمینه و هدف: از زمان شروع پاندمی بیماری کووید-19 (Corona Virus Disease 2019: COVID-19) چالش‌های متعددی در خصوص این بیماری و عامل ویروسی ایجاد کننده آن مطرح است. تشخیص سریع و دقیق ویروس به منظور کنترل گسترش و پیشرفت بیماری امری ضروری است. انتخاب نمونه مناسب در فازهای مختلف بیماری باعث کاهش نتایج منفی کاذب خواهند شد. این مطالعه به منظور شناسایی ژنوم سارس کرونا ویروس 2 (Sever Acute Respiratory Syndrome Corona Virus 2: SARS-CoV-2) در نمونه خون بیماران مبتلا به COVID-19 انجام شد.
روش بررسی: این مطالعه توصیفی - تحلیلی به روش سرشماری بر روی 100 نمونه خون تام بیماران (50 مورد بهبودی و 50 مورد مرگ) با تشخیص قطعی ابتلا به COVID-19 (مثبت شدن تست Real-Time RT-PCR نمونه‌های سوآپ نازوفارنکس) بستری در مرکز آموزشی و درمانی شهید صیاد شیرازی شهر گرگان طی سال 1399 انجام شد. یافته‌های بالینی و آزمایشگاهی در دو گروه از بیماران مقایسه گردید. اسیدنوکلئیک ویروس از نمونه‌های خون تام بیماران استخراج شد و با استفاده از پرایمر و پروب‌های اختصاصی کیت و با روش Real-Time RT-PCR بررسی حضور ژنوم ویروس انجام شد.
یافته‌ها: سن (سال) بهبودیافتگان (49.06±15.1) به طور معنی داری کمتر از سن فوت شدگان (12.4±58.3) بود (P<0.05). علایم بالینی شامل سرفه، تنگی نفس، ترشح خلط و تهوع در فوت شدگان در مقایسه با بهبودیافتگان به طور معنی‌داری بیشتر بود (P<0.05). تعداد لنفوسیت‌ها و سطح پلاکت در بیماران فوت شده در مقایسه با بهبودیافتگان پایین‌تر و سطح آنزیم لاکتات دهیدروژناز بالاتر بود (P<0.05). ژنوم SARS-CoV-2 در نمونه خون 7 بیمار شامل 3 بیمار بهبود یافته و 4 بیمار فوت شده شناسایی گردید که با پیامد بیماری ارتباط آماری معنی‌داری نشان نداد.
نتیجه‌گیری: استفاده از نمونه خون به منظور تشخیص ژنوم ویروس COVID-19 نامناسب ارزیابی شد. |
|
واژه‌های کلیدی: کووید-19، سارس کرونا ویروس 2، تست اسیدنوکلئیک کووید-19
Article ID: Vol23-52 |
|
|
متن کامل [PDF 534 kb]
(16876 دریافت)
|
|
نوع مطالعه: تحقيقي |
موضوع مقاله:
ویروس شناسی
|
| * نشانی نویسنده مسئول: گرگان، ابتدای جاده قدیم گرگان به کردکوی، دانشگاه علوم پزشکی گلستان، دانشکده پزشکی، گروه میکروب شناسی، تلفن 32421651-017، نمابر 32440225 |
|
|
|
|
|
|
| فهرست منابع |
1. Ganesh B, Rajakumar T, Malathi M, Manikandan N, Nagaraj J, Santhakumar A, et al. Epidemiology and pathobiology of SARS-CoV-2 (COVID-19) in comparison with SARS, MERS: An updated overview of current knowledge and future perspectives. Clin Epidemiol Glob Health. 2021 Apr-Jun; 10: 100694. DOI: 10.1016/j.cegh.2020.100694 [ DOI] [ PubMed] 2. Samadizadeh S, Masoudi M, Rastegar M, Salimi V, Shahbaz MB, Tahamtan A. COVID-19: Why does disease severity vary among individuals? Respir Med. 2021 Apr-May; 180: 106356. DOI: 10.1016/j.rmed.2021.106356 [ DOI] [ PubMed] 3. Chen F, Zhang Y, Li X, Li W, Liu X, Xue X. The Impact of ACE2 Polymorphisms on COVID-19 Disease: Susceptibility, Severity, and Therapy. Front Cell Infect Microbiol. 2021 Oct; 11: 753721. DOI: 10.3389/fcimb.2021.753721 [ DOI] [ PubMed] 4. Peng L, Khan S, Ali A, Ahmed S, Ali L, Han G, et al. Vertical transmission potential of SARS-CoV-2 from infected mother to twin neonates. Future Virol. 2021 May: 10.2217/fvl-2020-0324. DOI: 10.2217/fvl-2020-0324 [ DOI] [ PubMed] 5. He Y, Wang J, Ren J, Zhao Y, Chen J, Chen X. Effect of COVID-19 on Male Reproductive System - A Systematic Review. Front Endocrinol (Lausanne). 2021 May; 12: 677701. DOI: 10.3389/fendo.2021.677701 [ DOI] [ PubMed] 6. Balaraman V, Drolet BS, Mitzel DN, Wilson WC, Owens J, Gaudreault NN, et al. Mechanical transmission of SARS-CoV-2 by house flies. Parasit Vectors. 2021 Apr; 14(1): 214. DOI: 10.1186/s13071-021-04703-8 [ DOI] [ PubMed] 7. Shi L, Ding R, Zhang T, Wu W, Wang Z, Jia X, et al. Comparative Characterization and Risk Stratification of Asymptomatic and Presymptomatic Patients With COVID-19. Front Immunol. 2021 Jul; 12: 700449. DOI: 10.3389/fimmu.2021.700449 [ DOI] [ PubMed] 8. Tahamtan A, Ardebili A. Real-time RT-PCR in COVID-19 detection: issues affecting the results. Expert Rev Mol Diagn. 2020 May; 20(5): 453-54. DOI: 10.1080/14737159.2020.1757437 [ DOI] [ PubMed] 9. Clerici B, Muscatello A, Bai F, Pavanello D, Orlandi M, Marchetti GC, et al. Sensitivity of SARS-CoV-2 Detection With Nasopharyngeal Swabs. Front Public Health. 2021 Jan; 8: 593491. DOI: 10.3389/fpubh.2020.593491 [ DOI] [ PubMed] 10. Parvu V, Gary DS, Mann J, Lin YC, Mills D, Cooper L, et al. Factors that Influence the Reported Sensitivity of Rapid Antigen Testing for SARS-CoV-2. Front Microbiol. 2021 Oct 5;12:714242. DOI: 10.3389/fmicb.2021.714242 [ DOI] [ PubMed] 11. Rabaan AA, Tirupathi R, Sule AA, Aldali J, Mutair AA, Alhumaid S, et al. Viral Dynamics and Real-Time RT-PCR Ct Values Correlation with Disease Severity in COVID-19. Diagnostics (Basel). 2021 Jun; 11(6): 1091. DOI: 10.3390/diagnostics11061091 [ DOI] [ PubMed] 12. Joukar F, Yaghubi Kalurazi T, Khoshsorour M, Taramian S, Mahfoozi L, Balou HA, et al. Persistence of SARS-CoV-2 RNA in the nasopharyngeal, blood, urine, and stool samples of patients with COVID-19: a hospital-based longitudinal study. Virol J. 2021 Jul; 18(1): 134. DOI: 10.1186/s12985-021-01599-9 [ DOI] [ PubMed] 13. Melo AKG, Milby KM, Caparroz ALMA, Pinto ACPN, Santos RRP, Rocha AP, et al. Biomarkers of cytokine storm as red flags for severe and fatal COVID-19 cases: A living systematic review and meta-analysis. PLoS One. 2021 Jun; 16(6): e0253894. DOI: 10.1371/journal.pone.0253894 [ DOI] [ PubMed] 14. Rodríguez-Serrano DA, Roy-Vallejo E, Zurita Cruz ND, Martín Ramírez A, Rodríguez-García SC, Arevalillo-Fernández N, et al. Detection of SARS-CoV-2 RNA in serum is associated with increased mortality risk in hospitalized COVID-19 patients. Sci Rep. 2021 Jun; 11(1): 13134. DOI: 10.1038/s41598-021-92497-1 [ DOI] [ PubMed] 15. Bajaj V, Gadi N, Spihlman AP, Wu SC, Choi CH, Moulton VR. Aging, Immunity, and COVID-19: How Age Influences the Host Immune Response to Coronavirus Infections? Front Physiol. 2021 Jan; 11: 571416. DOI: 10.3389/fphys.2020.571416 [ DOI] [ PubMed] 16. Sobhani S, Aryan R, Kalantari E, Soltani S, Malek N, Pirzadeh P, et al. Association between Clinical Characteristics and Laboratory Findings with Outcome of Hospitalized COVID-19 Patients: A Report from Northeast Iran. Interdiscip Perspect Infect Dis. 2021 Feb; 2021: 5552138. DOI: 10.1155/2021/5552138 [ DOI] [ PubMed] 17. Serrano-Lorenzo P, Coya ON, López-Jimenez A, Blázquez A, Delmiro A, Lucia A, et al Plasma LDH: A specific biomarker for lung affectation in COVID-19? Pract Lab Med. 2021 May; 25: e00226. DOI: 10.1016/j.plabm.2021.e00226 [ DOI] [ PubMed] 18. Turner JS, Day A, Alsoussi WB, Liu Z, O'Halloran JA, Presti RM, et al. SARS-CoV-2 Viral RNA Shedding for More Than 87 Days in an Individual With an Impaired CD8+ T Cell Response. Front Immunol. 2021 Jan; 11: 618402. DOI: 10.3389/fimmu.2020.618402 [ DOI] [ PubMed] 19. Glenet M, Lebreil AL, Heng L, N'Guyen Y, Meyer I, Andreoletti L. Asymptomatic COVID-19 Adult Outpatients identified as Significant Viable SARS-CoV-2 Shedders. Sci Rep. 2021 Oct; 11(1): 20615. DOI: 10.1038/s41598-021-00142-8 [ DOI] [ PubMed] 20. Liu Y, Liao W, Wan L, Xiang T, Zhang W. Correlation Between Relative Nasopharyngeal Virus RNA Load and Lymphocyte Count Disease Severity in Patients with COVID-19. Viral Immunol. 2021 Jun; 34(5): 330-35. DOI: 10.1089/vim.2020.0062 [ DOI] [ PubMed] 21. Richter E, Al Arashi D, Schulte B, Bode C, Marx B, Aldabbagh S, et al. Detectable SARS-CoV-2 RNAemia in Critically Ill Patients, but Not in Mild and Asymptomatic Infections. Transfus Med Hemother. 2021 May; 48(3): 154-60. DOI: 10.1159/000515841 [ DOI] [ PubMed] 22. Yu F, Yan L, Wang N, Yang S, Wang L, Tang Y, et al. Quantitative Detection and Viral Load Analysis of SARS-CoV-2 in Infected Patients. Clin Infect Dis. 2020 Jul; 71(15): 793-98. DOI: 10.1093/cid/ciaa345 [ DOI] [ PubMed] 23. Xie C, Jiang L, Huang G, Pu H, Gong B, Lin H, et al. Comparison of different samples for 2019 novel coronavirus detection by nucleic acid amplification tests. Int J Infect Dis. 2020 Apr; 93: 264-67. DOI: 10.1016/j.ijid.2020.02.050 [ DOI] [ PubMed] 24. Wang W, Xu Y, Gao R, Lu R, Han K, Wu G, Tan W. Detection of SARS-CoV-2 in Different Types of Clinical Specimens. JAMA. 2020 May; 323(18): 1843-44. DOI: 10.1001/jama.2020.3786 [ DOI] [ PubMed] 25. Young BE, Ong SWX, Kalimuddin S, Low JG, Tan SY, Loh J, et al. Epidemiologic Features and Clinical Course of Patients Infected With SARS-CoV-2 in Singapore. JAMA. 2020 Apr; 323(15): 1488-94. DOI: 10.1001/jama.2020.3204 [ DOI] [ PubMed] 26. Wu J, Liu J, Li S, Peng Z, Xiao Z, Wang X, et al. Detection and analysis of nucleic acid in various biological samples of COVID-19 patients. Travel Med Infect Dis. 2020 Sep-Oct; 37: 101673. DOI: 10.1016/j.tmaid.2020.101673 [ DOI] [ PubMed] 27. Lescure FX, Bouadma L, Nguyen D, Parisey M, Wicky PH, Behillil S, et al. Clinical and virological data of the first cases of COVID-19 in Europe: a case series. Lancet Infect Dis. 2020 Jun; 20(6): 697-706. DOI: 10.1016/S1473-3099(20)30200-0 [ DOI] [ PubMed] 28. Duan K, Liu B, Li C, Zhang H, Yu T, Qu J, et al. Effectiveness of convalescent plasma therapy in severe COVID-19 patients. Proc Natl Acad Sci U S A. 2020 Apr; 117(17): 9490-96. DOI: 10.1073/pnas.2004168117 [ DOI] [ PubMed] 29. Chen X, Zhao B, Qu Y, Chen Y, Xiong J, Feng Y, et al. Detectable Serum Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Viral Load (RNAemia) Is Closely Correlated With Drastically Elevated Interleukin 6 Level in Critically Ill Patients With Coronavirus Disease 2019. Clin Infect Dis. 2020 Nov; 71(8): 1937-42. DOI: 10.1093/cid/ciaa449 [ DOI] [ PubMed] 30. Chen W, Lan Y, Yuan X, Deng X, Li Y, Cai X, et al. Detectable 2019-nCoV viral RNA in blood is a strong indicator for the further clinical severity. Emerg Microbes Infect. 2020 Feb; 9(1): 469-73. DOI: 10.1080/22221751.2020.1732837 [ DOI] [ PubMed] 31. Huang C, Wang Y, Li X, Ren L, Zhao J, Hu Y, et al. Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. Lancet. 2020 Feb; 395(10223): 497-506. DOI: 10.1016/S0140-6736(20)30183-5 [ DOI] [ PubMed] 32. Okwuraiwe AP, Onwuamah CK, Shaibu JO, Amoo SO, Ige FA, James AB, et al. Low level SARS-CoV-2 RNA detected in plasma samples from a cohort of Nigerians: Implications for blood transfusion. PLoS One. 2021 Jun; 16(6): e0252611. DOI: 10.1371/journal.pone.0252611 [ DOI] [ PubMed] 33. Colagrossi L, Antonello M, Renica S, Merli M, Matarazzo E, Travi G, et al. SARS-CoV-2 RNA in plasma samples of COVID-19 affected individuals: a cross-sectional proof-of-concept study. BMC Infect Dis. 2021 Feb; 21(1): 184. DOI: 10.1186/s12879-021-05886-2 [ DOI] [ PubMed] 34. Jiehao C, Jin X, Daojiong L, Zhi Y, Lei X, Zhenghai Q, et al. A Case Series of Children With 2019 Novel Coronavirus Infection: Clinical and Epidemiological Features. Clin Infect Dis. 2020 Sep; 71(6): 1547-51. DOI: 10.1093/cid/ciaa198 [ DOI] [ PubMed] 35. Wölfel R, Corman VM, Guggemos W, Seilmaier M, Zange S, Müller MA, et al. Virological assessment of hospitalized patients with COVID-2019. Nature. 2020 May; 581(7809): 465-69. DOI: 10.1038/s41586-020-2196-x [ DOI] [ PubMed] 36. Zheng S, Fan J, Yu F, Feng B, Lou B, Zou Q, et al. Viral load dynamics and disease severity in patients infected with SARS-CoV-2 in Zhejiang province, China, January-March 2020: retrospective cohort study. BMJ. 2020 Apr; 369: m1443. DOI: 10.1136/bmj.m1443 [ DOI] [ PubMed] 37. COVID-19 Investigation Team. Clinical and virologic characteristics of the first 12 patients with coronavirus disease 2019 (COVID-19) in the United States. Nat Med. 2020 Jun; 26(6): 861-68. DOI: 10.1038/s41591-020-0877-5 [ DOI] [ PubMed] 38. Peng L, Liu J, Xu W, Luo Q, Chen D, Lei Z, et al. SARS-CoV-2 can be detected in urine, blood, anal swabs, and oropharyngeal swabs specimens. J Med Virol. 2020 Sep; 92(9): 1676-80. DOI: 10.1002/jmv.25936 [ DOI] [ PubMed] 39. Corman VM, Rabenau HF, Adams O, Oberle D, Funk MB, Keller-Stanislawski B, et al. SARS-CoV-2 asymptomatic and symptomatic patients and risk for transfusion transmission. Transfusion. 2020 Jun; 60(6): 1119-22. DOI: 10.1111/trf.15841 [ DOI] [ PubMed] 40. Hogan CA, Stevens BA, Sahoo MK, Huang C, Garamani N, Gombar S, et al. High Frequency of SARS-CoV-2 RNAemia and Association With Severe Disease. Clin Infect Dis. 2021 May; 72(9): e291-e295. DOI: 10.1093/cid/ciaa1054 [ DOI] [ PubMed] 41. Mancuso P, Gidaro A, Gregato G, Raveane A, Cremonesi P, Quarna J, et al. Circulating endothelial progenitors are increased in COVID-19 patients and correlate with SARS-CoV-2 RNA in severe cases. J Thromb Haemost. 2020 Oct; 18(10): 2744-50. DOI: 10.1111/jth.15044 [ DOI] [ PubMed] 42. Chang L, Zhao L, Gong H, Wang L, Wang L. Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 RNA Detected in Blood Donations. Emerg Infect Dis. 2020 Jul; 26(7): 1631-33. DOI: 10.3201/eid2607.200839 [ DOI] [ PubMed] 43. Fang Z, Zhang Y, Hang C, Ai J, Li S, Zhang W. Comparisons of viral shedding time of SARS-CoV-2 of different samples in ICU and non-ICU patients. J Infect. 2020 Jul; 81(1): 147-78. DOI: 10.1016/j.jinf.2020.03.013 [ DOI] [ PubMed] |
|
| ارسال پیام به نویسنده مسئول |
|
|
|
آقچه لی بهمن، مرادی عبدالوهاب، تبرایی علیجان، نذیری حامد، کلانی محمدرضا، تهمتن علیرضا. شناسایی ژنوم سارس کرونا ویروس 2 در نمونه خون بیماران مبتلا به کووید-19. مجله علمي دانشگاه علوم پزشكي گرگان. 1400; 23 (4) :40-46 URL: http://goums.ac.ir/journal/article-1-4011-fa.html
|
