از جمله فعالیت های این اداره پایش و ارزیابی ادواری کارخانه ها و همچنین ارزیابی محل احداث واحد های تولیدی و نگهداری فرآورده های طبیعی، داروهای سنتی، فرآورده های ویژه متابولیک و مکمل تغذیه ای در حوزه تحت پوشش می باشد.
همچنین پایش و نمونه برداری(PMQC) در سطح عرضه فرآورده های مذکور در داروخانه ها بر اساس ضوابط، ارزیابی و پایش ادواری از شعب استانی شرکت های توزیع این فرآوردها، ساماندهی عطاری ها، فروشگاه های گیاهان دارویی، باشگاه بدنسازی و مراکز فروش مکمل تغذیه ای و فرآورده های طبیعی و جلوگیری از فروش فرآورده های غیرمجاز و قاچاق می توان اشاره کرد
از دیگر وظایف این اداره به ارزیابی نظارت بر امحا فرآورده های نام برده ،اقلام ضایعاتی، مکشوفه و تقلبی و جمع آوری فرآورده های ریکال شده و همچنین ایجاد سیستم رسیدگی اولیه به شکایات دریافتی فرآورده های مذکور و بررسی در محل ارسال شکایت در دستور کار این اداره قرار دارد.