اهداف مرکز:
۱-ترغیب و تشویق و بکارگیری محققین
۲-انجام پژوهش های اپیدمیولوژیک و بالینی در جهت اصلاح نظام ارائه خدمات بهداشتی درمانی به منظور جوابگویی به نیازهای جامعه اسلامی
۳-جمع آوری، تنظیم و طبقه بندی اسناد، مقالات و مدارک مربوط و انتشار آنها
۴-ایجاد زیر ساخت مناسب برای تحقیقات در زمینه بیماریهای مرتبط
۵-ارتقا نقش مرکز در تدوین سیاست ها و استراتژی های علمی در زمینه سلامت کودکان و نوزادان
۶-توسعه و بکارگیری دانش بشری در زمینه سلامت کودکان و نوزادان
۷-همکاری علمی با مراکز تحقیقاتی و آموزشی و سازمان های بین المللی با رعایت قوانین و مقررات دولت جمهوری اسلامی ایران.
۸-ارزشیابی ادواری عملکرد مرکز تحقیقات سلامت کودکان و نوزادان

چشم انداز :
چشم انداز آینده این مرکز تحقیقات، تبدیل شدن به یک قطب علمی فعال و پیشرو در عرصه بیماریهای مرتبط با کودکان در سطح منطقه و ملی است که با شناخت نیازهای علمی بومی و بهره گیری از فناوریهای نوین، راه حلهای مبتنی بر شواهد برای مشکلات جامعه در بیماریهای کودکان ارائه دهد