تعریف معاونت: معاونت آموزش علوم پایه و تحصیلات تکمیلی، برنامه ریزی آموزش علوم پایه به دانشجویان پزشکی و کلیه امور آموزشی و پژوهشی دوره های کارشناسی ارشد را بر عهده دارد. این معاونت با تدوین سیاست های راهبردی منطبق با اهداف دانشکده و نظارت بر حسن اجرای انها برای شکوفایی علوم پایه پزشکی و کاربردی کردن نتایج پژوهش های دانشجویان تحصیلات تکمیلی تلاش می نماید. شورای علوم پایه و تحصیلات تکمیلی این معاونت با حضور نمایندگان تمام گروهای آموزشی علوم پایه، با بهره گیری از خرد جمعی نقش بسزایی در هماهنگی و ارتقای برنامه های آموزشی – پژوهشی ایفا می کند. تکریم جایگاه اساتید و دانشجویان و ایجاد انگیزه و امید در انها با اعمال مشوق های مناسب و نیز پایش برنامه ها از دیگر وظایف معاونت برای خلق فضای رقابتی سالم است. این معاونت همچنین بر ترویج اخلاقیات و حفظ حرمت ها در تعاملات دانشجویان با اساتید و کارکنان اهتمام دارد. اهم شرح وظایف عبارتند از :
> نظارت بر حسن اجرای مصوباتی که از طریق رئیس دانشکده ابلاغ می شود و ایجاد زمینه های مناسب برای رشد استعدادها
> ا یجاد هماهنگی در امور آموزشی - اداری و فرهنگی دانشکده                        
> نظارت برحسن اجرای وظایف آموزشی اعضاء هیئت علمی گروههای آموزشی علوم پایه
> نظارت بر حسن اجرای آئین نامه های آموزشی مربوطه
> نظارت بر عملکرد آموزشی علوم پایه
> ا یجاد هماهنگی در برنامه ریزی های آموزشی
> ا رزیابی فعالیتهای آموزشی حوزه علوم پایه و گزارش سالیانه آن به رئیس دانشکده
> پیگیری و نظارت مصوبات شورای آموزشی دانشکده در حیطه علوم پایه
> عضو شورای آموزشی دانشکده و دانشگاه
> عضو شورای پژوهشی دانشکده و نظارت بر پایان نامه های دانشجویی
> ا رزیابی عملکرد آموزشی دانشجویان ,اساتید و کارشناسان آموزشی با همکاری مرکز EDO
> تهیه و پیشنهاد آئین نامه های مختلف آموزشی با همکاری مسئولین ذیربط و نظارت بر حسن اجرای آنها
> برگزاری جلسات مدیران گروههای آموزشی به صورت منظم و ایجاد تصمیمات در مورد مسائل مطروحه آموزش علوم پایه
> تدوین و بازنگری برنامه های اموزش علوم پایه در مقطع پزشکی عمومی
> همکاری با معاونت آموزش دانشگاه در جهت بررسی و امکان سنجی اجرای برنامه "یکپارچه سازی" (Integration)  آموزشی
> پایش و بازنگری برنامه های آموزشی موجود و پیشنهاد تاسیس رشته ها ی جدید