اهداف مرکز: ۱-ترغیب و تشویق و بکارگیری محققین ۲-انجام پژوهش های اپیدمیولوژیک و بالینی در جهت اصلاح نظام ارائه خدمات بهداشتی درمانی به منظور جوابگویی به نیازهای جامعه اسلامی ۳-جمع آوری، تنظیم و طبقه بندی اسناد، مقالات و مدارک مربوط و انتشار آنها ۴-ایجاد زیر ساخت مناسب برای تحقیقات در زمینه بیماریهای مرتبط ۵-ارتقا نقش مرکز در تدوین سیاست ها و استراتژی های علمی در زمینه سلامت کودکان و نوزادان ۶-توسعه و بکارگیری دانش بشری در زمینه سلامت کودکان و نوزادان ۷-همکاری علمی با مراکز تحقیقاتی و آموزشی و سازمان های بین المللی با رعایت قوانین و مقررات دولت جمهوری اسلامی ایران. ۸-ارزشیابی ادواری عملکرد مرکز تحقیقات سلامت کودکان و نوزادان   چشم انداز : چشم انداز آینده این مرکز تحقیقات، تبدیل شدن به یک قطب علمی فعال و پیشرو در عرصه بیماریهای مرتبط با کودکان در سطح منطقه و ملی است که با شناخت نیازهای علمی بومی و بهره گیری از فناوریهای نوین، راه حلهای مبتنی بر شواهد برای مشکلات جامعه در بیماریهای کودکان ارائه دهد   بیانیه ماموریت : این مرکز در زمینه های مرتبط با سلامت کودکان و نوزادان فعالیت می کند. تولید و ارتقای دانش پزشکی در جوامع دانشگاهی و جامعه پزشکی و تعالی فرهنگ سلامت در سطح منطقه ای و ملی از اهداف اصلی این مرکز می باشد. فعالیتهای این مرکز بر محور نهادینه کردن دانش پروری، شایسته سالاری و رعایت اصول اخلاق پزشکی و اسلامی استوار است.