اهداف مرکز:
1-ترغیب و تشویق و بکارگیری محققین
2-انجام پژوهش های اپیدمیولوژیک و بالینی در جهت اصلاح نظام ارائه خدمات بهداشتی درمانی به منظور جوابگویی به نیازهای جامعه اسلامی
3-جمع آوری، تنظیم و طبقه بندی اسناد، مقالات و مدارک مربوط و انتشار آنها
4-ایجاد زیر ساخت مناسب برای تحقیقات در زمینه بیماریهای مرتبط
5-ارتقا نقش مرکز در تدوین سیاست ها و استراتژی های علمی در زمینه سلامت کودکان و نوزادان
6-توسعه و بکارگیری دانش بشری در زمینه سلامت کودکان و نوزادان
7-همکاری علمی با مراکز تحقیقاتی و آموزشی و سازمان های بین المللی با رعایت قوانین و مقررات دولت جمهوری اسلامی ایران.
8-ارزشیابی ادواری عملکرد مرکز تحقیقات سلامت کودکان و نوزادان