فعالیتهای پژوهشی دانشگاههای علوم پزشکی کشور همه ساله توسط معاونت تحقیقاتی و فنآوری وزارت بهداشت بر اساس چهار محور حاکمیت و رهبری، محور توانمندسازی، محور تولید دانش و محور تحقیقات دانشجویی, استفاده از دانش موجود و بسیج منابع مالی مورد ارزیابی قرار می گیرند که پایش طی دو مرحله شش ماهه اول و شش ماهه دوم سال صورت می گیرد و بر اساس آن ارزشیابی سالانه صورت می گیرد که این دانشگاه از سال 1381 مورد پایش و ارزشیابی قرار گرفته است.