طبق آخرین ارزشیابی کشوری و رتبه بندی فعالیتهای پژوهشی مراکز تحقیقات بالینی با بیش از ۳ سال فعالیت ، رتبه مرکز تحقیقات بیماریهای عفونی با ارتقا ۳۰ رتبه از ۱۰۱ در سال ۲۰۱۷ به ۷۱ در سال ۲۰۱۸ رسید. در ارزشیابی سالانه وزارت،فعالیتهای پژوهشی مراکز تحقیقات وابسته به دانشگاههای علوم پزشکی کشور(دولتی/ خصوصی ) به همراه سازمانهای مربوطه مورد ارزیابی قرار می گیرد. شاخص های مربوط به حیطه تولید علم شامل : برونداد پژوهش ( انتشار مقالات ، خلاصه مقالات و کتب ) ، انتشار مقالات در مجلات ۲۵% برتر (Q۱ ) ، انتشار مقالات با همکاری بین المللی ، تعداد ارجاعات و شاخص H از پایگاههای معتبر Pub med, ISI و Scopus می باشد.